阜阳市档案馆馆藏档案按历史时期划分为新中国成立前档案、新中国成立后档案两个部分。
截止2024年12月，阜阳市档案馆馆藏各时期档案436个全宗，其中，建国前档案3个全宗262卷、新中国成立后档案433个全宗513565卷，2356991件，图书资料16188册。
